Ilhabela oferece mais de 80 apartamentos e flats para quem busca liberdade e privacidade durante a estadia. As diárias variam de R$ 150 a R$ 600, dependendo da localização e dos serviços inclusos. Bairros como Perequê, Itaguaçu e Ilhote concentram as melhores opções, com fácil acesso a praias, marinas e ao centrinho histórico. A maioria das unidades conta com cozinha equipada, ar-condicionado, Wi-Fi gratuito e estacionamento privativo - ideal para famílias ou grupos que preferem preparar as próprias refeições.
Entre os apartamentos mais bem avaliados, o Ilhabela Beach Residences se destaca pela localização a 2 minutos a pé da Praia do Perequê e pela piscina com vista para o mar. Já o Zaya Beach House em Ilhabela oferece café da manhã incluso e quartos adaptados para pessoas com deficiência. Para quem busca contato com a natureza, o Eco Baepi Residence tem piscina com vista para o mar e fica a 700 m da Praia do Itaguaçu. A maioria das acomodações aceita crianças e oferece estacionamento gratuito, sendo ideal para quem viaja em família ou em grupo.